É muito comum obter o incomodo "internal server error" durante a instalação do magento. A solução, geralmente, é trocar a permissão das pastas para 755 e arquivos para 644.

O melhor disto, é que existe uma forma automática de trocar a permissão de todos os arquivos da instalação do magento.

Veja como:

1 – Faça o download deste arquivo: magento-cleanup2

2 – Extrai o arquivo e envie o "magento-cleanup.php" para a pasta onde está o seu magento.

3 – Rode o arquivo, acessando-o pelo seu navegador. http://www.seusite.com.br/meumagento/magento-cleanup.php

Pronto! Assim, todas os arquivos e diretórios terão as permissões corrigidas